Yo cuando lo hice, simplemente baje el video original y con un programa llamado "Subtitle Workshop" o algo así lo hice. Seguramente habrá muchos mejores programas de subtitulado ya.

Bienvenido Ignis!
A mí también me costo encontrar el vídeo original, porque no había referencias, pero me di cuenta de que salia en la esquina inferior derecha del vídeo un logo con un nombre (no recuerdo cual) y era una página de hospedaje de vídeos y allí estaba sin subtitular.

Otra cosa que se puede hacer es recortar el vídeo por abajo para que no se vean los subtitulos anteriores, pero claro ya pierdes un poco de imagen, pero al menos puedes tener el vídeo limpio si no encuentras el original.